突然想写点东西。 现在的状态与2024年下半年完全不同。如果说，去年下半年是一种颓废的状态，现在就是一种亢奋的状态。 虽然离自己想做成的事情还有很长一段路要走，但是我现在丝毫不再犹豫！我知道，那是我终究要去做的事情，不借助任何人的力量，独自一人去做的事情，而我也坚信自己终究能做成。这种认知与感受，是触发现在这种亢奋状态的原因。 独自一人去完成意味着需要学至少两个领域知识，但又何妨？人生...

根本上说，个人笔记的组织方法属于文献组织方法，只是名字、组织单元发生了改变。哪种方法更接近文献组织方法，哪种方法可能更适合大规模的知识管理。注意，康奈尔笔记法等注重于单篇笔记撰写的方法不在讨论范围。 卢曼卡片盒（zettelkasten）。社会学家尼克拉斯·卢曼所用的信息组织方法，用纸质卡片记录所学的灵感和知识，将卡片放入木盒中保存、管理。组织方法主要是卡片编码和索引。每张卡片都有数字和字...

生信中，常用的研究手段之一是比对。例如双序列比对寻找相似区域、保守位点，分析进化关系，多序列比对寻找保守区域、位点、模式。 3.1 序列比对相关概念 序列比对（sequence alignment），指运用某种数学模型或算法，寻找多个序列之间的最大匹配碱基数。比对结果反映了算法在多大程度上提供序列之间的相似性关系及生物学特征，是序列分析、数据库搜索的基础。 序列比对类型。从比对序列的数...

组学发展过程中，如何有效建立与使用数据库实现大批量数据的存储、处理、检索是科学家首要解决的问题。因此，开发与分子生物学大规模数据有关的生物学数据库已经成为生物信息学研究中最基本的一项任务。 2.1 生物学数据库简介 数据库，是一类用于存储、管理数据的文档，统一管理的数据集合，存储形式有利于数据信息的检索与调用。数据库开发的主要任务是将数据以结构化记录的形式进行组织，便于信息检索。 数据...

基于序列的生物学时代已经到来。 1.1 生物信息学发展历史 人类基因组计划为生物信息学提供了兴盛的契机。 生物信息学常见期刊，见P1原文。 绝大部分核酸、蛋白质数据库由美国、欧洲、日本三家数据库系统产生，共同组成了Genbank/ENA/DDBJ国际核酸序列数据库。 表1-1（P2）列出了生命科学、计算机科学、生物信息学的大事。 1.2 生物信息学的研究领域 生物信息学是一门工...

《搞定I》是戴维·艾伦撰写的一本关于工作流程管理的书籍。2022年07月我阅读之后，开始用其作为个人的任务管理系统。经过这几年的使用与改进，自觉日常的事务管理相较于之前（未用任何系统管理）得到了较大的改善。当然，书中介绍的是一些原则，需要根据自身的情况进行具体化。说来惭愧，书中提及的一些关键原则我并没有实践好，以至于最近整个系统出现了混乱。于是重读当时的读书笔记，优化、修正当前的系统。借此机...

GTD的精通程度包含多个层次，是一种终身实践。随着不断实践，擅长程度和探究细节永无止境。精通是一种能力，借助富有成效的行为，在面临任何挑战时表现必要的明晰度、稳定性、侧重性。 GTD用于处理日常工作，其本身随着所处的年龄和阶段不断演变。但是精通GTD是一种非常明确的做法，指学习并融合各种最佳做法，需要终身学习。具体表现为不假思索地运用优化整合的系统和方法。 精通GTD分成3个阶段： ...

GTD原则的有效性被社会认知心理学的研究证实，具体有以下几个方面（具体见原文）。 积极心理学 积极心理学，其内容包括幸福、心理健康、沉浸和优化体验、意义、激情、目的、可靠领导力、优势、价值、性格和美德。 GTD侧重于有意义的工作、有思想的生活、心理健康。它强调的结果型思维，要考虑事务，捕捉、理清、组织整理事务，评估结果，以便清晰地思考，可以改善生活体验。 分布式认知 大脑用于在思考...

提升效率 在GTD方法中，处理日常事务的一个重要技巧是学会在脑海中对结果做出正面的预期，并以此影响实践。 学习GTD的学员，积极承认很多事情“不完善”。他们记录下来，明确实质，确立“项目”，确定下一步行动并付诸实施，直到目标达成。这是工作效率提升的终极体验。 预想结果的重要性 结果和行动紧密联系、相互影响。只有对预期结果一清二楚时，才能找到恰当的行动。只有找到如何行动时，结果和现状才...

总结起来就是，必须思考下一步具体行动，不要将材料直接写入清单中。 当个人或团队把“下一步行动”作为基本问题坚持提出来时，自身能力和效率会发生显著变化。 只有在明确的现实需求或压力迫使你就下一步行动做出决定，从而避免遭受痛苦的后果时，这个思维过程才会自发形成。在局势明朗并且必须采取行动时，要将这种思维方式作为主动行为加以利用，需要后天不断地实践。 每件事几乎只需要10s进行思考和决策，就...